L'occupation du pays paraît très ancienne. Il a été trouvé une grande quantité de tombeaux marqués par de larges briques tumulaires, témoins d'une occupation des lieux par les Blédonticiens, mais également des haches en silex attestant d'une population plus ancienne. Les plus antiques vestiges sont les ruines de la chapelle Saint-Jean (1) , située au-dessus de Thoron. Cette chapelle romane du XIIe siècle est de style Lombard. La position du village sur un lieu élevé le rendait propre à être fortifié et les restes de tours et de remparts le démontrent. Dominé par l'église Ste Marie-Madeleine de style roman du XVIe siècle (2) , Aiglun possède un deuxième château dans la plaine, dit "château de Villeneuve". Construit au XVIIe siècle, il aurait été la maison de plaisance des évêques de Digne avant d'être racheté en 1820 par Mathieu Autric, ancien aide de camp de Napoléon Ier, décédé à Aiglun et enterré au cimetière du vieux village.

Il reste sur la commune le véritable tracé de la "Route Napoléon" avec en particulier, un magnifique pont en pierre (3) . Aujourd'hui cette voie est dénommée "Voie Impériale".